Como abrir uma clínica médica: passo a passo e checklist

Para abrir uma clínica médica, você precisa definir o modelo do negócio, abrir o CNPJ, registrar a empresa no Conselho Regional de Medicina com um diretor técnico, obter o alvará de funcionamento e a licença sanitária, cadastrar o estabelecimento no CNES e escolher o regime tributário com um contador. Depois vêm equipe, sistema e, se for o caso, credenciamento em convênios. Neste artigo você vê cada etapa, com o órgão responsável e o que costuma dar errado. Um aviso antes de começar: alvará e licença sanitária seguem regras do seu município e do seu estado, então confirme sempre as exigências com os órgãos locais.

Antes da papelada: defina o modelo

Quatro decisões mudam quase todas as etapas seguintes.

• Consultório individual ou clínica com sócios. Muda a forma da sociedade, o contrato social e a divisão de responsabilidades.
• Especialidades e procedimentos. Uma clínica só de consultas tem exigências diferentes de outra que faz pequenas cirurgias ou exames. Isso afeta o código de atividade, a licença sanitária e a estrutura física.
• Particular, convênio ou os dois. Convênio traz volume, mas exige credenciamento, faturamento e fôlego para os prazos de pagamento.
• Local. Antes de assinar o aluguel, confirme na prefeitura se o imóvel pode receber a atividade e pergunte à vigilância sanitária o que a estrutura precisa ter. Reforma feita antes dessa conversa costuma ser refeita.

Checklist: etapas e órgãos responsáveis

Etapa	Onde	Observação
Contrato social e CNPJ	Junta Comercial ou Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas, integrado à Receita Federal pela Redesim	Depende do tipo de sociedade
Inscrição municipal e alvará de funcionamento	Prefeitura	Requisitos variam por município
Licença sanitária	Vigilância sanitária municipal ou estadual	Depende das atividades e da organização local
Registro da empresa e diretor técnico	CRM do estado	Exigido da pessoa jurídica que presta assistência médica
Cadastro do estabelecimento	CNES, do Ministério da Saúde	Obrigatório para estabelecimentos de saúde
Regime tributário	Contador	Vale simular antes de abrir a empresa
Credenciamento	Cada operadora de plano de saúde	Só se for atender convênio

A ordem exata varia, porque alguns órgãos pedem documentos emitidos por outros. O CNES, por exemplo, costuma vir depois da licença sanitária.

1. CNPJ e natureza jurídica

A escolha principal é entre sociedade empresária, registrada na Junta Comercial, e sociedade simples, registrada no Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas. As duas podem adotar a forma limitada, que hoje admite um único sócio. Cada formato tem efeitos diferentes em responsabilidade, custos de registro e tributação, e essa decisão merece conversa com contador e advogado.

O CNPJ sai de forma integrada pela Redesim, no portal gov.br. É também nesse processo que a empresa faz a opção pelo Simples Nacional, se for o caso.

Atenção ao código de atividade (CNAE). A classificação do IBGE separa, por exemplo:

• 8630-5/03: atividade médica ambulatorial restrita a consultas;
• 8630-5/01: atividade médica ambulatorial com recursos para realização de procedimentos cirúrgicos;
• 8630-5/02: atividade médica ambulatorial com recursos para realização de exames complementares.

O CNAE influencia a tributação e o grau de exigência da licença sanitária. Escolha pelo que a clínica vai fazer de fato.

2. Registro da empresa no CRM e diretor técnico

A Resolução CFM nº 1.980/2011 determina que empresas de direito privado que prestam assistência à saúde se registrem no Conselho Regional de Medicina do estado onde atuam. A obrigação alcança filiais e todas as unidades, e o pedido é feito pelo médico responsável técnico.

O diretor técnico é regulado pela Resolução CFM nº 2.147/2016, com alterações posteriores. Os pontos principais:

• o cargo é de médico, que responde perante o CRM pela organização e pelo funcionamento do estabelecimento;
• um médico pode ser diretor técnico ou clínico em até duas instituições, com exceção da pessoa jurídica individual em que ele responde pela própria atuação;
• serviços assistenciais especializados exigem do diretor título de especialista registrado no CRM.

Documentos, taxas e anuidade são definidos por cada CRM. Consulte o conselho do seu estado antes de protocolar. Se você vai atender como pessoa física, confirme com o CRM quais exigências se aplicam ao seu caso.

3. Alvará de funcionamento

O alvará é emitido pela prefeitura e autoriza a atividade naquele endereço. Documentos, vistorias, taxas e renovação mudam de um município para outro, e a prefeitura pode exigir outras liberações, como a do Corpo de Bombeiros. Procure o setor de licenciamento da sua cidade logo no começo, antes de fechar o imóvel.

4. Licença sanitária

A licença sanitária é emitida pela vigilância sanitária do município ou do estado, conforme a organização local e o risco da atividade. A inspeção costuma olhar estrutura física, fluxos de atendimento, limpeza, descarte de resíduos e documentação.

Clínicas que fazem procedimentos invasivos, esterilização de materiais ou exames tendem a ter mais exigências do que um consultório só de consultas. Por isso, converse com a vigilância sanitária antes da obra. Muitas exigências são mais baratas quando entram no projeto do que quando viram adaptação.

5. CNES

O cadastro e a manutenção dos dados no Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde (CNES) são obrigatórios para estabelecimentos de saúde, conforme a Portaria de Consolidação GM/MS nº 1/2017. Consultórios isolados podem usar a versão simplificada do sistema, o SCNES Simplificado. O gestor municipal verifica a existência física do estabelecimento e a validade da licença sanitária, por isso o CNES costuma ser a última etapa da regularização. As operadoras de planos de saúde costumam pedir esse número no credenciamento.

6. Enquadramento tributário em linhas gerais

Esta parte é só um panorama. Os números mudam conforme faturamento, folha, sócios e município, e a simulação precisa ser feita por um contador que conheça clínicas.

• Regimes possíveis. Simples Nacional, Lucro Presumido e Lucro Real. O melhor depende do caso, e muitas vezes muda à medida que a clínica cresce.
• Fator R no Simples. Medicina é tributada pelo Anexo III ou pelo Anexo V do Simples, conforme a relação entre folha de salários e receita bruta dos últimos 12 meses. Abaixo de 28%, a tributação vai para o Anexo V (Lei Complementar 123/2006, art. 18, § 5º-M). Pró-labore e forma de contratação da equipe entram nessa conta.
• Reforma tributária. A Lei Complementar 214/2025 criou o IBS e a CBS, com transição a partir de 2026, ano com alíquotas de teste. Serviços de saúde têm redução de 60% nas alíquotas desses tributos (arts. 128 e 130). O efeito real depende do regime da clínica, e é mais um motivo para acompanhar de perto com o contador.

7. Equipe

• Médicos. CRM ativo e, quando for o caso, título de especialista registrado. Cabe ao diretor técnico se certificar da habilitação dos médicos que atuam na clínica.
• Enfermagem e demais profissionais. Registro no conselho da respectiva profissão.
• Recepção. É quem mais lida com dados de pacientes. Treine atendimento, agenda, confirmação de consultas e cuidados com a LGPD desde o primeiro dia.
• Forma de contratação. CLT, sociedade ou prestação de serviço têm efeitos trabalhistas e tributários diferentes. Defina com contador e advogado.

8. Sistema de gestão

Escolha o sistema antes de abrir as portas, não depois do primeiro mês de agenda em papel. O prontuário precisa ser guardado por muito tempo (a Lei 13.787/2018 fala em no mínimo 20 anos após o último registro para prontuários em papel e digitalizados), então segurança e backup contam desde o início.

Na avaliação, confira:

• agenda, prontuário e financeiro no mesmo lugar, para não digitar o mesmo dado duas vezes;
• faturamento no padrão TISS, se for atender convênio;
• controle de acesso por função, para cada pessoa ver só o que precisa;
• suporte que responda rápido na fase de implantação;
• contrato sem amarras e com garantia de que você leva seus dados se trocar de sistema.

Na Stenci, agenda, prontuário, financeiro e faturamento TISS (no plano Premium) ficam no mesmo sistema, com suporte humano pelo WhatsApp e sem fidelidade. Veja os planos. Se você já atende em outro lugar e vai trazer pacientes, a migração importa os dados do sistema anterior.

9. Credenciamento em convênios

Cada operadora tem processo próprio e decide se abre credenciamento para a sua especialidade e região. Costumam pedir CNPJ, CNES, registro no CRM, alvará, licença sanitária e dados do diretor técnico e dos profissionais.

Antes de assinar, leia o contrato com atenção:

• tabela de valores e regra de reajuste;
• prazos de envio das guias e de pagamento;
• regras de autorização prévia;
• motivos de glosa e prazo para recurso.

O faturamento segue o padrão TISS da ANS, e erros de preenchimento viram glosa. Vale ler sobre faturamento TISS e como evitar glosas antes de mandar o primeiro lote.

Conclusão

Abrir uma clínica médica é uma sequência de etapas que dependem umas das outras: modelo de negócio, CNPJ, registro no CRM com diretor técnico, alvará, licença sanitária, CNES e regime tributário. As regras locais mudam bastante, então confirme cada exigência com a prefeitura, a vigilância sanitária, o CRM do seu estado e o seu contador. Com a parte legal em ordem, a diferença está na rotina: agenda organizada, prontuário seguro e financeiro sob controle. Se quiser ver como a Stenci ajuda a começar com isso resolvido, agende uma demonstração.